В 1543 г., вышло в свет сочинение безвестного тогда польского астронома-любителя Николая Коперника (1473-1543)
"Об обращении небесных сфер". Хотя и посвященное папе Павлу III и написанное в форме традиционного уважения к канонам церкви, оно в корне расходилось с общепринятой в то время библейско-птолемеевской картиной мира, согласно которой центром Вселенной является Земля.
Энгельс назвал издание бессмертного творения Коперника "революционным актом, которым исследование природы заявило о своей независимости и как бы повторило лютеровское сожжение папской буллы".
Вначале открытие Коперника не привлекло особого внимания иерархов католической церкви, так как в предисловии к его труду, написанном, правда, не автором, а издателем книги протестантским богословом Осиандером, открытия великого польского астронома преподносились читателям всего лишь в виде
гипотезы. Более того, первыми, кто ополчился на открытия Коперника, были Лютер и Кальвин. Католические же богословы только полвека спустя, когда столкнулись с еретическими взглядами на Вселенную Джордано Бруно, стали уяснять себе, что гелиоцентрическая система Коперника подрывает основу основ религиозного мировоззрения.
Так же оценивал теорию Коперника и Галилео Галилей (1564-1642), открытия которого подтверждали основной тезис его польского предшественника о вращении Земли вокруг своей оси. В 1612 г. Галилей писал своему единомышленнику принцу Чези: "Я подозреваю, что астрономические открытия будут сигналом для похорон или, вернее, для страшного суда над ложной философией"
Вначале папский престол и инквизиция во главе с Беллармино стремились установить некое подобие компромисса с Галилеем и его сторонниками на следующих условиях: ученые свои открытия будут выдавать за гипотезу, не противопоставляя их Библии, не пытаясь опровергнуть библейскую версию о мироздании, а взамен церковь и инквизиция оставят их в покое, воздержатся от преследований и репрессий.